Na Faculdade Unida, a pesquisa procura estabelecer conexões entre teorias e métodos e é praticada em função de dois objetivos: a produção de saber crítico e construtivo sobre teologia e ciências da religião e a aplicação concreta da pesquisa no aperfeiçoamento da vida em sociedade, em busca de mais justiça, tolerância e solidariedade no contexto de sociedades marcadas pela diversidade humana. Através de projetos de pesquisa e de iniciação científica, os estudantes de graduação e pós-graduação têm acesso inicial às habilidades, valores e disciplina necessários para a pesquisa científica e com criatividade. Através destes projetos os docentes e estudantes podem também concretizar suas habilidades e vocação para a construção do saber e ação na sociedade.